حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در پیامی با تبریک و تسلیت شهادت و فقدان دانشمند برجسته و ممتاز هسته‌ای و دفاعی جناب آقای محسن فخری‌زاده، بر مجازات قطعی عاملان و آمران این جنایت و همچنین لزوم پیگیری تلاش علمی و فنی این شهید تأکید کردند. متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است: بسم الله الرّحمن الرّحیم ...